Till startsida
Webbkarta
Till innehåll Läs mer om hur kakor används på gu.se

"Algoritmer kan användas på nästan alla områden för att lösa olika problem"

Devdatt Dubhashi bedriver forskning inom området algoritmer med koppling till bioinformatik och optimering. Mycket av Devdatt Dubhashis arbete är inriktat på att konstruera så intelligenta algoritmer att de kan hantera de extremt stora datamängder som idag alstras i allt snabbare takt genom ny teknik. Det finns i princip inte några begränsningar för algoritmernas användningsområde – tvärtom är de en förutsättning för att lösa många av de problem som ett modernt samhälle för med sig. Ett oändligt område med oändligt många utmaningar för en forskare.

En algoritm kan beskrivas som en systematisk procedur för hur man genom ett begränsat antal steg utför en beräkning eller löser ett problem.

Bioinformatik är en tvärvetenskaplig disciplin där man utvecklar algoritmer för analys av biologiska datamängder.

Optimering handlar om att skapa algoritmer för olika typer av problem där man söker efter den optimala lösningen. Det handlar om samtliga områden där det är extremt viktigt att uppnå effektivitet. Optimering när det gäller kostnader, transportsträckor och sökresultat är några exempel.

Devdatt Dubhashi bedriver forskning inom alla dessa områden och blir genom sitt tvärvetenskapliga arbete också ganska väl insatt i andra forskningsområden som tar hjälp av hans teknik.

Projektet Swegene blev starten för Devdatts inriktning mot bioinformatik

Devdatt Dubhashi är ursprungligen från Indien och började sin forskarbana inom området algoritmer. När Devdatt kom till institutionen för data- och informationsteknik år 1999 upptäckte han att ett stort nationellt samarbete just påbörjats i Sverige, under namnet Swegene. Projektet var starkt tvärvetenskapligt, med forskare från matematik, kemi, datavetenskap och biologi.

- Projektet Swegene blev trevlig överraskning för mig när jag anlänt till Sverige som nyanställd forskare, säger Devdatt Dubhashi. Biologi är något som alltid har intresserat mig och det här projektet gav mig en möjlighet att få en närmare kontakt med området. Det var alltså projektet Swegene som ledde mig in på det forskningsområde där jag är idag.

- I Swegene fanns en grundtanke om att vi forskare i projektet mer eller mindre skulle tvingas ihop för att lära oss varandras forskningsområden. Jag och en forskare i cell- och molekylärbiologi satt ofta tillsammans på den enes kontor för att försöka förstå vad den andre höll på med. I början gick det trögt och vi hade problem med både språk- och ämnesbarriärer. Lösningen kom i form en gemensam doktorand med dubbla mastersexamina, en i bioteknik och en i datavetenskap. Det blev en perfekt lösning och vi fick igång ett konkret samarbete där doktoranden fungerade som en brygga mellan våra ämnesområden.

Masterutbildningar i bioinformatik

- År 1999 startade även ett masterprogram i bioinformatik inom Swegene-initiativet, berättar Devdatt Dubhashi. Programmet var väldigt produktivt och en lång rad av studenterna från det programmet har sedan hamnat som forskare vid Chalmers och Göteborgs universitet och på företag runt om i världen.

- Tyvärr lades masterprogrammet ner vid Chalmers inför 2011, så nu fokuserar vi istället på att få in bioinformatik som ett spår på masterprogrammet Computer Science, vilket vi ger vid Göteborgs universitet, säger Devdatt Dubhashi. Som vi ser det är det fel tid att dra ner på utbildningen inom vårt område.

- Astra Zeneca har till exempel just fattat beslutet att förlägga hela sin verksamhet till Göteborgsregionen och det finns många andra mindre företag i regionen som också kommer att behöva välutbildat folk nu framöver.

Beräkningsanalytiker i stor samverkan med andra områden

Devdatt Dubhashi har just påbörjat en halvtidstjänst som forskare vid Cellartis i Göteborg. Cellartis är specialister på stamceller och hjälper läkemedelsindustrin att utveckla nya läkemedel, vilket är en mycket komplicerad och dyr process som löper över flera år. Stamcellsforskning gör det till exempel möjligt att testa de nya läkemedlen utan att använda djurförsök.

Devdatts arbete på Cellartis består i att vara beräkningsanalytikern när det gäller den data som genereras från microarrays. Microarrays har revolutionerat området inom biologi och life science. Tanken är att du till exempel ska kunna ta en pappersnäsduk du använt och lägga den på en micro array och som resultat får du en karta över alla dina gener. Från den genetiska informationen går det att se om du har benägenhet att få diabetes eller cancer till exempel.

Ett annat exempel där man använder microarrays är när biologer kartlägger cellers egenskaper. Även där ger microarrays helt nya möjligheter för att skapa ett nytt kunskapsfundament när det gäller hur processerna i cellerna ser ut.

En datavetares roll i den här processen är att skapa de algoritmer som ska sortera de enorma mängder data som genereras. Arbetet med att skapa algoritmerna kan bara göras i mycket nära samarbete med forskarna inom det område som ska kartläggas. Det gäller att förstå områdets behov och också ämnesforskarnas perspektiv. Devdatt säger att han först nu, efter tio års samverkan med forskare inom biologi, kan känna att han är i en position där han kan förstå hur de arbetar på ett djupare plan.

Utmaningar i form av ny teknologi

Ny teknologi innebär nya stora utmaningar för datavetarna att hantera. De datamängder som tidigare kunde ta tio år att generera, kan nu skapas under en enda dag. Det handlar om en fullkomlig explosion av data där man måste hitta både tekniska och beräkningsmässiga lösningar för att processa dessa effektivt. Förutom kraven på snabbare datorer, krävs också allt mer intelligenta algoritmer för att lyckas extrahera den mest intressanta och relevanta informationen i de kolossala datamängderna.

Explosionen av datamängder gäller förstås inte bara biologins forskningsfält, utan alla möjliga områden. Insamlad data från sensornätverk är ett exempel, ett annat är det jätteområde som handlar om sökoptimering på internet. Devdatt Dubhashi hoppas också på ett ökat samarbete i framtiden när det gäller områden som datasäkerhet, datorarkitektur och språkteknologi.

- Det är därför jag är så intresserad av området algoritmer, säger Devdatt Dubhashi. Det utgår från grundläggande matematik, men kan användas på nästan alla områden i vårt moderna samhälle för att lösa olika problem!

Algoritmer som hjälpmedel för framtidsförutsägelser

Många av företagen i regionen visar intresse för tekniken, dels stora företag som Astra Zeneca och TeliaSonera, men även många mindre lokala företag som Cellartis, Nobel Biocare, Tibco Spotfire, Findwise.

Ett av de mindre företagen är Recorded Future, som använder utvalda delar av de extremt stora datamängder som finns insamlade runt om i världen för att ”förutsäga framtiden”. Som kunder har företaget till exempel olika typer av finansbolag som behöver luta sig mot tidigare statistik för att avgöra under vilka dagar de ska göra affärer. Vilka veckodagar är det statistiskt sett bäst, när på året och under vilka delar av månaden är det extra gynnsamt ur affärssynpunkt? Recorded Future baserar sina olika förutsägelser på ett mycket stort antal skiftande källor, där några exempel är webbsidor, bloggar, sökningar via sökmotorer, aktiviteter i Google Translate och många fler. Med hjälp av algoritmer urskiljer företaget all den information som kan vara relevant för varje uppdrag och gör sedan sin prognos.


Mars 2011

Text: Catharina Jerkbrant


Fakta om Devdatt Dubhashi:

Devdatt Dubhashi har sin grundutbildning i datavetenskap från Indien, han doktorerade sedan vid Cornell University i USA och tillbringade två år som postdoc på Max Planck Institute i Tyskland. Under två år arbetade Devdatt som forskarassistent vid Universitetet i Århus, Danmark, innan han år 1999 anställdes på institutionen för data- och informationsteknik i Göteborg (institutionen är integrerad mellan Chalmers och Göteborgs universitet). År 2009 blev Devdatt Dubhashi utnämnd till biträdande professor vid Chalmers tekniska högskola.
 

Kontakt
Devdatt Dubhashi

Institutionen för data- och informationsteknik
031-772 10 46

Månadens profil

Devdatt DubhashiMycket av Devdatt Dubhashis arbete är inriktat på att konstruera så intelligenta algoritmer att de kan hantera de extremt stora datamängder som genereras av ny teknik.

Sidansvarig: Catharina Jerkbrant|Sidan uppdaterades: 2011-05-04
Dela:

På Göteborgs universitet använder vi kakor (cookies) för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig. Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder kakor.  Vad är kakor?